Özet;

Mikuriya Jin orta okulda kendisine verilen bir proje için bir statü yapmaya karar verir ve bu oyma statüyü bilinçsizce kutsanmış bir ağacın bir parçası üzerine yapar ve dışarıya çıkarken, statü yere düşüp toprakla temas ettiği an bir kıza dönüşür. Kızın (küçük tanrıçanın) ismi Nagi’dir, bir Shinto(Shinto-Japonların ulusal dini) ruhudur, kasabanın koruyucu ruhudur, ve kutsanmış ağacının kesilmiş olmasına gerçekten sinirlenmiştir. Yaşayacak bir yeri olmadığından, Nagi Jin ile beraber olmak zorunda kalır ve bir yandan varlığının bu kendisine olağandışı gelen yeni şekillenmesine alışmaya çalışırken diğer yandan ağacı hakkında olan sinirini…doğal olmayan varlıkları ortadan kaldırıp, saf olmayan yer ve varlıkları ‘arındırarak’ çıkartmaya başlar. Nagi’nin rakibi olarak gördüğü Zange adında başka bir koruyucu ruh vardır, bu ruh nehrin diğer tarafındaki bir türbeyi ev edinmiştir…Zange-chan’da uyanmıştır ve kasabanın en büyük gençlik idolü olmayı kafasına koymuştur. Bu da Nagi’nin sinirinin daha çok bozulması için başka bir nedenden başka birşey değildir.